Aconchi toma su nombre del vocablo ópata Acǒtzi, que significa “en los paredones”, en referencia a los imponentes acantilados de roca que bordean el Río Sonora a su paso por este territorio. El pueblo fue habitado desde tiempos prehispánicos por el grupo étnico de los ópatas, señores de la sierra y el río.

En 1639, el misionero jesuita de origen portugués Bartolomé Castaño fundó aquí la misión de San Pedro de Aconchi, perteneciente al rectorado jesuita de San Francisco Javier. La misión tuvo como pueblo de visita a Nuestra Señora de la Concepción de Baviácora, uniendo así a dos de los pueblos más antiguos de la Ruta del Río Sonora.

A lo largo del siglo XX, Aconchi experimentó los vaivenes de la reorganización territorial: fue suprimido como municipio en 1930 e incorporado a Arizpe, luego a Baviácora en 1931, hasta que el 13 de abril de 1932 fue rehabilitado definitivamente como municipio libre e independiente. Hoy destaca por sus aguas termales medicinales en El Agua Caliente y su templo franciscano de San Pedro y San Pablo, orgullo de la Ruta del Río Sonora.